前回、SMBでの接続だとルートレベルで公開されてしまう。
また、アイコンが空白になってしまう。
なんて書きましたが、El Capitan側の問題ではなく、OS X Server側の設定に問題があったため、それが今回表面化したものと判明しました。
あんたを疑って済まなかった＞El Capitan
原因は、Server.appだけでなく、システム環境設定でもSMBを動かしていたことのようです。
システム環境設定の共有で、SMBを切ったら問題となっていた事柄は全て解決してしまいました。このことで、Server.appには影響を与えませんでした。それ迄はSMBが二重に起動していたのだと思われます。（調べてませんが……）
少なくとも、ルートレベルでの全ディスクの公開は避けられ、白紙アイコンも発生しなくなりました。
めでたし、めでたし。
しかし、また別の問題が。
ファインダーのメニュー、移動→サーバーへ接続からafpでOS X Serverに接続しても、ファインダー上に反映されません。ファインダーの共有にある該当サーバーに共有項目が出てこない。
「接続できませんでした」表示のままです。ここで別名で接続をクリックするとafpで接続してたものが解除され、（多分SMBで）再接続されてしまいます。
おまけに、afpで公開している一部のみをSMBで開放としたら、サーバーに接続できなくなってしまいました。
システムの再起動をしたら直った（接続できた）けれど、今度はafpで接続しているだよな。SMBで公開していないのも表示されているし。現在、どちらで接続しているのかっていうのは、どこ見れば判るんだろう？
これも俺環なのかなぁ。